Alphadia Genesis relatează o aventură epică cu Fray și echipa sa de investigație din Regatul Archduke, care au pornit să rezolve un caz misterios de crimă într-un oraș din apropiere. După o investigație inițială, lui Fray și tovarășilor săi li se alătură delegați din Regatul Ghalzabine.
Acest lucru face ca tensiunile să fie mari, deoarece regatele Archduke și Ghalzabine au avut o relație dificilă de la "războiul energetic" al clonelor, care a avut loc cu 15 ani înainte de ancheta lor comună.
Fray și colegii săi investigatori sunt așteptați de răsturnări de situație și descoperă în curând că acest caz poate fi mai mult decât pare...