Descoperă povestea neștiută a lui Jason și a Evei după ce au învins flagelul mutant al Pământului, în timp ce se aventurează în adâncurile spațiului în noul lor tanc de luptă "GAIA-SOPHIA"!

Povestea din Blaster Master Zero 2 începe la câteva luni după evenimentele din primul joc, cu protagonistul Jason salvând planeta Pământ de mutanți. Eve a fost infectată de celule mutante care îi distrug încet-încet corpul, așa că, împreună cu Jason și Fred, se îmbarcă pe G-SOPHIA și încep o călătorie intergalactică spre planeta natală a lui Eve, Sophia, în speranța de a găsi un leac pentru infecția mutantă.

Combinația perfectă dintre aventura spațială plină de acțiune și gameplay-ul caracteristic Blaster Master creează formula unei noi experiențe distractive.

Căutați în sus și în jos pe planetele pe care le vizitați pentru a găsi hărți ascunse ale micilor planetoizi de pe orbita lor. Explorează o mare varietate de planetoizi pentru a găsi îmbunătățiri pentru G-Sophia și Jason. În timpul călătoriei sale, Jason va întâlni un echipaj pestriț de piloți de tancuri de luptă Metal Attacker și droizii lor de sprijin respectivi. Uneori sunt prieteni, alteori sunt dușmani.