Ceva sinistru se petrece, sălciile dispar din Țara Zânelor, iar Regina Zânelor îi cere lui Silk să o caute pe vrăjitoarea Natu de Cotton pentru ajutor. Cotton este dispusă să o ajute pe vechea ei prietenă și împreună pornesc în următoarea lor aventură.
Cotton Fantasy se joacă în mod similar cu jocurile anterioare din serie. În plus față de nivelurile tradiționale cu mecanica de derulare laterală, jocul are, de asemenea, niveluri ca în Panorama Cotton și Rainbow Cotton. Mecanicile Jewel Fever din Reboot au fost reelaborate, iar obiectele cad acum de la inamici ori de câte ori sunt loviți de vrăji magice.