Douăsprezece spermatozoizi cu abilități supraomenești adunați pe o navă plutitoare de către o entitate supranațională misterioasă cunoscută doar sub numele de Lumea. Povestea lor comună s-ar putea să se fi încheiat, dar a lor abia acum începe.
Trecut, prezent și viitor, cele trei moduri diferite de poveste din Norn9: Last Era converg, incluzând o explorare a trecutului personajelor înainte de viața lor împreună pe navă. Jocul reia, de asemenea, evenimentele din Norn9: Var Commons din noi perspective și povești plasate după evenimentele din primul joc.