Rolurile sunt inversate. Organizația XCOM trece la ofensivă. Cu toate acestea, confruntată cu resurse limitate, trebuie să lanseze raiduri de gherilă împotriva forțelor extraterestre de la noul său cartier general mobil. Jucătorii vor trebui să combine puterea brută de foc cu tacticile silențioase, să recruteze noi soldați pentru XCOM și să construiască o rețea de rezistență. Doar așa vor putea descoperi planurile insidioase ale extratereștrilor și vor putea salva omenirea.

Lumea s-a schimbat. Au trecut 20 de ani de când liderii lumii s-au supus de bunăvoie dominației forțelor extraterestre. XCOM, ultima linie de apărare a omenirii, a fost lăsată în voia sorții. Extratereștrii care domină acum Pământul se apucă rapid de construit orașe orbitoare care promit un viitor mai bun pentru omenire. Dar nimic nu este atât de perfect precum pare la prima vedere - uzurpatorii au un scop secret și terifiant. Cei care încearcă să se opună vor plăti scump.

Doar cei care locuiesc la marginea lumii se pot bucura de promisiunea libertății. Tocmai în aceste părți oamenii încearcă să își recapete forțele și să adune o armată care să apere interesele umanității. Rămășițele forțelor XCOM trebuie să găsească o cale de a se ridica din cenușă și de a-și recăpăta puterea, să încerce să descopere adevărul terifiant din spatele ocupației și să elimine amenințarea extraterestră odată pentru totdeauna.